一提摩尼教大家可能不知道，但是一提明教，大家肯定知道。其实明教就是摩尼教。在民间也有称为魔教的。下面收集了一些摩尼教的资料和摩尼教的教义。
摩尼（Mani。216年4月14日－约274年）是摩尼教的创始人。母亲满艳（Maryam）与波斯的安息（Arsacids）王室有亲戚关系。摩尼诞生于巴比伦（Babylonia）北部的玛第奴（Mardinu）。父亲跋帝（Patek）原住哈马丹（Hamadan）曾参加犹太派基督徒派别厄勒克塞（Elchasaites）派，这个教派以禁欲和实行烦琐的浸礼仪式为特点。摩尼从四岁起就被他父亲带到这个教派中生活。摩尼自称从小受到天使启示，他二十四岁时（240年4月19日）受到神我（Syzygos）一次最重要的启示，涉及以后摩尼教的主要基本教义。他遂与厄勒克塞派决裂，如果没有他父亲的保护，可能被杀。摩尼离开这个教派，来到泰锡封（Ctesiphon），只有两个追随者，后来他父亲也皈依了他的宗教。摩尼及其少数信徒曾在波斯北部传教，后来取海路前往印度，使杜兰（Turan，在今俾路支地区）国王皈依摩尼教。从印度回来后，摩尼赢得了波斯萨珊王朝国王沙卜尔（Shapur）的兄弟、呼罗珊（Khurasan）总督卑路斯（Peroz）的友谊，通过他得以晋见沙卜尔。摩尼用中古波斯文写了《沙卜拉干》（Sabuhragan）一书，概述摩尼教的教义，题献给沙卜尔。沙卜尔给了摩尼书面文件，准许他和他的信徒在帝国范围内任何地方旅行和传教。摩尼派使徒阿驮（Adda）、承法教道者帕提格（Pattig）等向罗马帝国境内传教，派末冒（Mar Ammo）等向东方传教。摩尼教在不长时间内已经发展成一个世界性宗教。瓦赫兰（Bahram）一世（273－276年）继位后，受琐罗亚斯德教主科德（Kirdir）的影响，改变了对摩尼教宽容的政策。摩尼想去东方的贵霜（Kushan）地区，未被准许。他收到瓦赫兰一世的传唤，要他前往贝拉斐（Bet Laphat）朝廷。摩尼已经意识到凶多吉少，但是对信徒的关怀一如既往，在途中还访问了故乡高凯（Gaukhai）的摩尼教社团。他於274年1月21日抵达朝廷，晋见瓦赫兰一世时，受到国王的指责，摩尼进行了抗辩，被投入监狱，2月26日死於狱中。
摩尼教（Manichaeism）是三世纪在巴比伦兴起的世界性宗教。由于希腊文《科隆摩尼古卷》（Cologne Mani Codex）的发现，学术界掌握了关于摩尼早期思想的第一手资料，一般承认， 摩尼教主要吸收犹太教－基督教等教义而形成自己的信仰，同时也采纳了不少琐罗亚斯德教的成分，传播到东方来以后，又染上了一些佛教色彩。它的主要教义是二宗三际论，有自己的戒律和寺院体制。摩尼教在长达一千多年的时间内（从三世纪到十五世纪），从北非到中国的福建，在整个欧亚旧大陆上广泛传播，文献使用过叙利亚文、中古波斯文、帕提亚文、粟特文、汉文、回鹘文、希腊文、拉丁文、科普特文等十余种文字，与其他主要宗教发生了深入的思想对话，如果要研究中世纪欧亚大陆东西文明交流史，从研究摩尼教入手无疑是一个的极佳选择。
摩尼教文献
摩尼自己清楚意识到自己的宗教与以前的琐罗亚斯德教、犹太教、基督教、佛教的一个不同之处是，其他宗教的创始者没有亲自写定经典，以致於继承者莫衷一是，自己则在有生之年就写定经典，使继承者有所适从。敦煌出土的汉文《摩尼光佛教法仪略》（简称《仪略》）中列举了摩尼教七部大经及图，可以与《布道书》等科普特文摩尼教文献中的记载相印证：即《彻尽万法根源智经》（《生之福音》或《大福音书》）、《净命宝藏经》（《生命之宝藏》）、《律藏经》或称《药藏经》（《书信》）、《秘密法藏经》（《秘密书》）、《证明过去经》（《专题论文》）、《大力士经》（《巨人书》）、《赞愿经》（《诗篇和祈祷书》）、《大二宗图》（《图集》）。上述七部大经是摩尼亲自用古叙利亚文所写的，如今已经大部分失传，有的还能找到一些断简残篇。《大力士经》的残片较多，可以看出与死海古卷中的《以诺书》有渊源关系。此外，在阿拉伯史料中，把摩尼用中古波斯文所写、题献给沙普尔一世的《沙卜拉干》也列为经典，它应该就是延载元年（694）传入中国的《二宗经》，关于世界末日的部分尚保存比较完整。
除了摩尼亲自写的上述经典外，摩尼教还遗存了大量文献，大致可以分为五类。
第一类是宗教历史性文献，类似基督教的福音书、使徒行传、信徒书，杂有关于奇迹的记载，但是仍然有信史的成分。
袖珍型的《科隆摩尼古卷》已刊布192页，由摩尼弟子转述的摩尼自传资料汇编而成，基本上以第一人称回顾了摩尼早年在浸礼派中生活、受到神我启示、与他们决裂和开始传教的历程。科普特文的《布道书》（Homilies）已刊布96页，其中第42－85页是关于觉悟者（即摩尼）被钉上十字架的记载，第7－42页则是大战讲义，与今存《沙卜拉干》残片类似，讲述摩尼教关于世界末日发生大战的教义。由于这两份文书的幸存，我们对摩尼生平的早期和末期所知较多。三十年代在埃及麦地纳－马地（Medinet Madi）发现的大量摩尼教科普特文书中的一种是关于摩尼生平和摩尼教会早期历史的著作，可惜在二战后的混乱中遗失了（仅存两页）。我们今天还可以通过一些吐鲁番出土的伊朗语和回鹘语残片，包括《牟羽可汗入教记》和书信，以及最近在埃及喀里斯 （Kellis）出土的科普特文书信、中国泉州摩尼教碑刻等资料增加一些对摩尼最后所受的迫害和摩尼教传播情况的了解。
第二类是教义阐释：埃及麦地纳－马地出土的科普特文的《生之福音》评注（Synaxes (commentary?) on the Living Gospel）的一部分图版和《我主摩尼智慧的克弗来亚》（The Kephalaia of the Wisdom of my Lord Mani）的全部图版已经出版，有若干介绍，全部内容尚待科普特文专家释 读。《导师（即摩尼）的克弗来亚》（The Kephalaia of the Teacher (i.e. Mani)）已经释读295页， 翻译成德文和英文。克弗来亚意为纲目、章节、要义。《仪略》中说，摩尼其余六十年间宣说正法，诸弟子等随事记录，克弗来亚显然是这种记录中最重要的一种，在西方史料中，它常被列为摩尼教经典。我们今天能看到的有122章，通常是对话体，即由摩尼的弟子问一个或一些问题，摩尼予以解答，内容涉及摩尼教几乎所有的方面。敦煌出土的汉文《摩尼教残经一》与此类似，也是阐释教义的对话体记录，今存345行。由摩尼弟子阿驮提出问题，摩尼予以解答，从诸神造成世界和贪魔造立人身讲起，叙述贪魔以五明性禁於肉身，而惠明使与之斗争，使五明性得以解脱，也即使故人转化为新人。这与《导师的克弗来亚》第38章相近。《摩尼教残经一》的另一个主要部分讲述惠明使通显三大光明日，降伏二种无明暗夜，与《导师的克弗来亚》第4章类似。汉文《摩尼教残经一》已经翻译成法文和德文。此经的一些帕提亚文、粟特文和回鹘文残片已经缀合刊布，翻译成德文（部分翻译成英文），可资比较研究。
第三类是诗篇：埃及麦地纳－马地出土的科普特文诗篇图版已经刊布，其中保存较好的第二部分共234页已经释读并翻译成英文。敦煌出土的汉文《摩尼教下部赞》今存423行，已经翻译成英文和德文。吐鲁番出土很多伊朗语与回鹘语诗篇残片，其中比较长篇的，如帕提亚文《胡威达曼》（Huwidagman，第一章在唐代已经被翻译成古汉文，即《摩尼教下部赞》第262－338颂的叹明界文）和《安格罗斯南》（Angad Rosnan）、回鹘文《摩尼大颂》等已经释读并翻译成欧洲语文。
摩尼教诗篇内容大致可以分为：庇麻节（Bema）诗篇，赞颂各个神，特别是耶苏的，赞颂摩尼与其他宗教领袖的诗篇等等。通过比较研究这些诗篇，我们可以观察一些相同或类似的宗教象征符号怎样在不同文明之间传播、翻译、假借、融合。
第四类是关于教团组织和仪规的文献 ：本世纪初在北非阿尔及利亚的特贝萨（Tebessa）发现一篇拉丁文书，讨论摩尼教选民（僧侣）和听者（一般信徒）的区别，已经翻译成英文。敦煌出土的回鹘文《摩尼教忏悔文》包括十五项忏悔的内容，已经被翻译成德文、俄文、英文和中文。吐鲁番交河城出土的《回鹘文摩尼寺院文书》的图版刊布於1954年，已经有中文、德文（部分）、英文和日文译本。敦煌出土的汉文《仪略》简明扼要地叙述了摩尼生平和创教、他的形象、主要典籍、教团组织结构、寺院制度、基本教义二宗三际论。已经有英文、法文和德文译本。《仪略》可能不是从中亚语言直接翻译过来的，而是精通中亚摩尼教文献的僧侣所著。
第五类是文学性的布道作品： 摩尼教广泛利用各个文明中固有的故事，加以改造，宣传自己的教义。粟特文故事中就有很多这样的例子：《宗教和世界之海的故事》明显源自佛教《海八德经》等经文，以大海比喻和赞美摩尼教。《珍珠穿孔工人的故事》起源於波斯，伊本－穆盖法耳（？－757）翻译的阿拉伯文译本《凯利莱和迪木奈》中有类似的故事。《三条鱼的故事》与印度《五卷书》中的一个故事类似。《商人和精灵的故事》改编自圣经《士师记》第11章（耶弗他的女儿）和维吉尔（70－19BC）的史诗《埃涅阿斯纪》中关于克里特王伊多梅纽斯的故事。《猴子和狐狸的故事》出自伊索寓言。《约伯的故事》出自圣经《约伯记》。回鹘文故事中也不乏同样的例子：也有出自伊索寓言的故事。佛陀身为太子时，出城遇到老人、病人和死人，从而悟道的回鹘文故事，可能译自粟特文，而粟特文译本可能是中世纪欧洲广泛流传的《白尔拉木和约萨法特》的故事的雏形。《醉汉和尸体的故事》令人联想到基督教伪经《约翰行传》中的类似情节。《三个王子的故事》源自波斯，而《通天文婆罗门书》则源自印度。
教外史料
除了摩尼教本身的文献之外，还有相当数量的教外作者有机会接触摩尼教徒，或阅读摩尼教文献，他们留下了自己的记载。有的记载比较客观，有的则带有明显的偏见。这些记载可以按照所用的语文，大致分为：叙利亚文、希腊文、拉丁文、阿拉伯文和汉文史料。
叙利亚文史料可以举两位作者为例。一位是埃弗来姆（Ephraem, Syrus, Saint,303-373），他是多产的东方基督教作家，时代离开摩尼比较近，在340年左右写成驳斥摩尼、玛桑、巴戴桑的书，有英译本。全书以批判摩尼等异端为目的，不过仍然记载了早期摩尼教的一些特点。巴尔库尼(Theodore bar Konai, 8th/9th cent.)是美索不达米亚景教主教，790年左右写成《斯可利亚》（Liber scholiorum），原意在於揭露摩尼教，但是客观上扼要地引述了不少摩尼教文献，成为重要的摩尼教教义概述，这段概述被翻译成多种欧洲语文。因为摩尼原来所用的语文是叙利亚文，所以这些引述比较接近原文。
希腊文史料种类比较多。里科普里斯的亚历山大（Alexander, of Lycopolis）於300年左右写成《批判摩尼教教义》，复述了摩尼教的二宗论。赫格曼尼亚斯（Hegemonius，4世纪上半叶）的《阿基来行传》（ Acta Archelai） 原来当为希腊文，今仅存片段，全文的拉丁文译本留传至今，
有德文和英文译本。书中记载了美索不达米亚某地主教阿尔科劳斯（Archelaus）与摩尼的一场辩论，现代学者多认为这是一个虚构的故事，但是仍然保留了许多有用的史料，以后的其他希腊文史料多半转引此书。多产的凯撒利亚主教优西比乌斯（Eusebius, of Caesarea, Bishop of Caesarea, ca. 260-ca. 340）在其名作《基督教教会史》中对摩尼的攻讦显示了当时基督教 会对他影 响之大的警惕 性。埃及思穆伊斯的塞拉皮昂（Serapion of Thmuis）著有《反摩尼教徒》一文。 叙利亚基督教主 教玻斯托拉的狄托斯 （Titus of Bostra，？－370）写的反摩尼教的书有一些独立的 资料。萨拉米 斯的埃皮法尼乌斯 （Epiphanius of Salamis）374－376年间所著的《（反异端）良药 宝库》的第66 章专门批驳摩尼教， 资料多出自狄托斯和《阿基来行传》。另外，在拜占廷帝国早 期，摩尼教教徒被迫改宗基督教时，必须宣誓谴责摩尼教，当时使用的几份希腊文教义之正式声明保存至今，也是研究摩尼教的宝贵资料。
拉丁文史料中，最突出的是圣奥古斯丁（354－430）的著作。他曾有九年之久是摩尼教的听者（普通信徒），后改宗基督教，391年任神甫以前，就写了《意志的自由选择》、《论天主教会的道德》、《论摩尼教的道德》、《真的宗教》等五篇反对摩尼教的论著；任神甫以后，391年出版了短篇论文《信仰之利》，接着写了小书《两个灵魂》。次年出版《与福图那图斯论战》，稍后出版《驳题为基本原理的摩尼教书信》、《反福斯特斯》、《善的性质》等反摩尼教著作。此外，在《忏悔录》、《书信》第79和236封、《布道文》1，2，12，50，153，182，237、《节欲》等论著中，也涉及摩尼教。奥古斯丁的著作大多有英文译本。罗马帝国皇帝戴克里先（243？－316？）曾向非洲总督朱利安奴斯发布的诏书，要他警惕摩尼教的危险。皈依基督教的西罗马帝国皇帝瓦伦提尼安一世（364－375）於372年发布诏书反对摩尼教。这些诏书和罗马皇帝狄奥多西一世（346？－395）的几封反摩尼教诏书也是重要史料。
阿拉伯史料可以两个作者为例。比较著名的是奈丁的《群书类述》，有德文、英文译本，概述了摩尼生平（一些细节被摩尼教本身的文献证明是正确的）、思想的渊源、教义、戒律、继承问题、教派、摩尼著作目录、摩尼以后的宗教领袖等。另一位重要作者是比鲁尼（973－1048），他在《古代遗迹》中分析了摩尼的思想渊源，介绍了摩尼的戒律和观念，摩尼的出生年代和地点，主要著作和去世情况。他在《印度考》中也有一些地方谈到摩尼，指出摩尼关于转世的思想来自印度教。比鲁尼的这两种著作都有英译本。
汉文史料比较分散，种类繁多。一般史籍类如《册府元龟》、新旧《唐书》、《通典》、《唐会要》、《通鉴》、新旧《五代史》、《宋史》、《明太祖实录》、《大明律例集解》等有一些摩尼教传入中国、进行活动及遭到迫害和禁止的记载，多为重大事件而叙述简略。《宋会要辑稿》刑法门二宣和二年（1120）的一条资料记载了宋代摩尼教徒所用的经文及画像。碑文类如《九姓回鹘可汗碑》汉文部分是关于摩尼教传入回鹘的重要史料。泉州出土的《管理江南诸路明教、秦教等也里可温－－马里失里门》碑是元代摩尼教合法存在的证据。个人文集类如唐代参与处理回鹘和摩尼教事务的白居易的《白氏长庆集》、李德裕的《会昌一品集》、目睹会昌法难的日本僧仁圆的《入唐求法巡礼行记》等保存了一些不见於正史的资料。北宋洪适的《盘洲文集》记载了其父洪皓任台州宁海县主簿时，审判《二宗三际经》一案的经过。南宋陆游的《渭南文集》、《老学庵笔记》留下了当时明教活动的情况。黄震《黄氏日钞》中的《崇寿宫记》记录了他与道教化的摩尼教徒张希声的书信往还。元代陈高《不系舟渔集》记载了温州明教寺院潜光院的情况。明代宋濂《芝园续集》透露了洪武年间温州禁毁明教的内幕。佛教典籍类如《僧史略》、《释门正统》、《佛祖统纪》等虽意在斥伪，客观上却保存了一些摩尼教史料。道家典籍如敦煌出土的《老子化胡经》中，有老子化为摩尼之说。宋代道士白玉蟾（真名葛长庚）著《海琼白真人语录》则否定摩尼教是老子遗教。地方志类如明万历末年的《闽书》记载摩尼教的渊源及其传入福建的经过甚详，作者何乔远似乎读过唐代流传下来的汉文摩尼教经典，比较可信。这些史料大部分已经翻译成法文、英文。
教义
摩尼教的根本教义，为二宗三际。二宗指明暗，也即善恶。三际指初际、中际、后际，初际阶段，明暗是分开的。中际阶段，黑暗侵入光明，光明与黑暗斗争，两者混合。后际阶段，明暗重新分开。
未有天地之时，只有善恶二宗。善宗即光明王国，最高神被称为伟大之父（汉文摩尼经称大慈父、明尊），他有感觉、推理、思维、想象和意志等五大荣耀（相、心、念、思、意等五种国土），仁爱、信仰、忠实、慈善和智慧等五种精神品质（怜悯、诚信、具足、忍辱、智慧等五施）。他与光明、威力、智慧是四位一体（清净、光明、大力、智慧）。在他的四面住着十二个神，每面三个（十二常住宝光王）。恶宗被称为黑暗之王（魔王），住在黑暗王国里。
初际之末，黑暗之王上窥光明王国，五大荣耀为之战栗。伟大之父不欲五大荣耀出战黑暗之王，遂召唤出生命之母（善母佛），生命之母又召唤出初人（先意佛），初人召唤出他的五个儿子（五明佛：清净气、妙风、明力、妙水、妙火）作为自己的甲胄，去驱逐黑暗。但是初人被打败，五明子被五类魔所吞噬。当初人苏醒过来后，向伟大之父呼救七次，于是伟大之父第二次召唤，先唤出光明之友（乐明佛），光明之友唤出大般（造相佛）；大般（即建筑之神）唤出活灵（净风佛）。活灵唤出他的五个儿子：光辉卫士（持世明使）、尊贵之王（十天大王）、阿大姆斯（降魔胜使）、荣耀之王（催光明使）和持地者（地藏明使）。他们一起来到黑暗王国，活灵呼唤初人，初人作了回答。这一呼一应产生了两个神，一为呼神（说听），一为应神（唤应），分别成为活灵及初人的第六子。" 净风、善母二光明使，入於暗坑无明境界" ，救出先意。但是，“五类魔黏 五明身，如蝇著蜜，如鸟被篱，如鱼吞钩。” 五明子无从得救。
从此教义的中心就是如何救出被五类魔吞噬的五明子。这就必须建立宇宙。“ 净风明使以五类魔及五明身二力和合，造成世界十天八地，如是世界即是明身医疗药堂，亦是暗魔禁系牢狱。”这个世界由活灵五子管理。活灵又净化那些被吞噬的光明，造成日月星辰。然后，生命之母、初人和活灵向伟大之父祈祷，伟大之父进行了第三次召唤，召唤出第三使（日光佛），第三使召唤出十二童女（Twelve Virgins，汉文摩尼经称电光佛）。 第三使“ 或现童男微妙相， 癫发五种雌魔类”，十二童女则“ 或现童女端严身，狂乱五种雄魔类”， 使五类魔身上吸收的光明分子射泄出来，掉在地上变成各种动植物。植物比动物包含更多的光明分子。
净风造成世界作为囚禁暗魔的牢狱，“于是贪魔见斯事已，於其毒心重兴恶计，即令路易 （叙利亚文Ashqalun）及业罗泱（Namrael）以像净风及善母等，於中变化，造立人身，禁囚明性，放（＝仿）大世界。如是毒恶贪欲肉身，虽复微小，一一皆放（＝仿）天地世界。……喻若金师，摸（＝模）白象形，写指环内，於其象身，无有增减。人类世界，亦复如是。……其五明身，既被如是苦切禁缚，废忘本性，如狂如醉。” 贪魔造立的人身， 就是人类始祖亚当和夏娃。亚当根本不意识到自己的灵魂是光明分子，原来属于光明王国。当五个天使看到这种情况时，就要求生命之母、初人和活灵派神去解救亚当。他们遂派光明耶苏（汉文摩尼经称光明夷数或夷数佛）去启示亚当。光明耶苏向亚当显现在天之父、亚当自己的本性及其被囚禁在肉体之中的痛苦，并让亚当尝了生命之树（常荣树），学得了神秘的灵知——诺斯（Gnosis）。人类只有掌握诺斯才能得救，这是诺斯替派共有的主要思想，摩尼教也不例外。光明耶苏拯救亚当，实际上是以后历代明使拯救人类的蓝本。因此，光明耶苏在摩尼教诸神中具有特殊地位，献给他的诗篇特别多，《赞夷数文》歌颂他“自是明尊怜悯子，复是明性能救父，自是诸佛最上兄，复是智慧慈悲母” 。亚当虽然获得了诺斯，但是仍然受了夏娃的诱惑，生了第一个孩子塞特（Seth）。因为亚当比夏娃身上有更多的光明分子，塞特被魔鬼视为异类，幸得诸神保佑和亚当抚育，得以长大成人和行善终生。人类便是塞特的后裔。
为了拯救一代又一代人类中义人的灵魂，“又复净风造二明船（即日月），於生死海运渡 善子，达於本界，令光明性究竟安乐。”
义人的灵魂是通过光耀柱从月亮转到太阳，再进入新乐 园的。光耀柱既是神（汉文摩尼经借用佛教术语，称卢舍那佛），又是灵魂到达日月宫殿，以至最后回归涅pan常明世界所要经过的境界（汉文摩尼经称卢舍那境界）。怨魔贪主见净风造了二明船，“生嗔垢心，即造二雌雄等形，以放（仿）日月二大明船，惑乱明性，令升暗船，送入地狱，轮回五趣，备受诸苦，卒难解脱。”伟大之父从魔王控制下解救明性的斗争仍未获胜，需要 另一位神帮助人类得到解脱。
“若有明使，出兴於世，教化众生，令脱诸苦，……犹如国王破怨敌国，自於其中妆饰台殿，安置宝座，平断一切善恶人民，其惠（慧）明使，亦复如是。" 慧明使又称慧明佛，即大诺 斯（Great Nous），他是光明耶苏召唤出来的，是一切使者之父，一切教会之首。慧明使在人间的化身先是犹太教旧约圣经中记载的人类始祖亚当的一些后裔：塞特、挪亚（Noah）、亚伯拉罕 （Abraham）、闪（Shem）、以挪士（Enosh）、以诺（Enoch）；然后是真正宗教的创立者：佛陀、琐罗亚斯德、弥赛亚耶苏。慧明使最后的、最完美的化身就是摩尼。《摩尼教残经》歌颂明使："三界独尊，普是众生慈悲父母，亦是三界大引导师，亦是含灵大医疗主，……亦是上天包罗一切，亦是实地能生实果，……亦是死中与常命者，亦是众生明性中性，亦是三界诸牢固狱解脱明门。” 这既是对慧明使的，也是对摩尼的颂词。
当摩尼教获得大部分人类的信奉之后，光明分子的解脱几近完成。这时光明耶苏会第二次降临，称为智慧世界之神（汉文摩尼经译称具智法王），他将建立法庭，自任审判者（汉文摩尼经称平等王），把正义者和邪恶者分开。之后，支撑世界的光耀柱和活灵诸子将离开，天地随之崩溃，爆发出一场大火，这场大火将持续1468年。生命之思（Thought of life，即汉文摩尼经中的“ 唤应警觉声”）将以最后的相貌（the Last Statue，即汉文摩尼经中的" 本相貌" ）出现，收集一切 遗留的光明分子，上升到新乐园。黑暗魔王及其他恶魔将被囚禁，新乐园将重新并入光明王国，这就是后际。
从以上的简述可以看到，光明与黑暗对立的二元论、过去－现在－未来的三际论、最后的大战等教义，渊源可能是琐罗亚斯德教。摩尼教最高神伟大之父，已经高度抽象，不像犹太教的上帝干涉人间事务。旧约中创造世界的耶和华的角色在摩尼教中降低为由净风来扮演，净风在摩尼教科普特文史料中就被称为造物主。基督教中的耶苏形象在摩尼教中变得多元化了，主要表现为大神光明耶苏和光明使者弥赛亚耶苏，摩尼以耶苏的使徒自居。这些地方都可以看出犹太教－基督教的重大影响。
教阶和寺院制度
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教团内部通常分为五个教阶：第一，十二慕she，译云承法教道者（使徒）；第二，七十二萨波塞，译云持法者，亦号拂多诞（主教）；第三，三百六十默奚悉德，译云法堂主（长老）；第四，阿罗缓，译云一切纯善人（选民即僧尼）；第五，耨沙彦，译云一切净信听者（俗信者）。这些名称的音译，出自中古波斯文，同时，这些教阶也能在希腊文和拉丁文史料中得到印证。摩尼设十二个使徒的做法，显然模仿耶苏的十二使徒。将信徒分为僧尼和一般在俗信徒，可能是受佛教影响而形成的。
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教寺院中有“ 经图堂一，斋讲堂一，教授堂一，病僧堂一。……不得别立私室厨库。每日斋食，俨然待施；若无施者，乞丐以充。唯使听人，勿蓄奴婢及六畜等非法之具。每寺尊首，诠简三人：第一，阿拂胤萨，译云赞愿首，专知法事；第二，呼lu唤，译云教道首，专知奖劝；第三，遏换健塞波塞，译云月直，专知供施。皆须依命，不得擅意。”
这套寺院制度，可能是摩尼在印度观察了佛教寺院以后，加以模仿而形成的。僧侣过的生活 相当俭朴，主要靠施舍乞讨为生，没有奴婢、牲畜等私有财产，共同生活，没有个人的私室、厨房、仓库。根据帕提亚文摩尼教传教史残片，阿驮曾在罗马帝国建立一批摩尼教寺院。有的学者认为，摩尼教寺院的建立刺激了基督教修道制度的发展。
摩尼教传入回鹘后，借其势力得以发展，唐大历三年（768）在京师长安立寺。以后陆续在荆、扬、洪、越等州、河南府、太原府建立寺院，直至会昌三年（843）被禁断。在查禁时，唐政府没收了摩尼寺的钱物，并严加看守，以防“ 诸色人及坊市富人影占”。这说明这些寺院已经拥有相当财产，可能曾被粟特或回鹘商人用作货栈和钱庄。唐季摩尼教受迫害以后，转为秘密宗教，向华南发展，建立了一些寺院，如宋绍兴年间（12世纪）在福建泉州石刀山有一座摩尼寺；十三世纪在浙江四明有一座，后改名为崇寿宫，貌似道教寺院，但是仍然承认摩尼教苦行主义的戒律；元代在福建泉州府晋江县华表山建立过一座草庵，祭祀摩尼佛；在温州平阳有一座潜光院，为明教寺院。
1954年刊布的《回鹘文摩尼寺院文书》提到高昌、交河、唆里迷等三处寺院。由爱吾赤（管事）、慕舍、依哈林、都督等管理寺院收入的派用。寺院有了殷实的经济基础，拥有土地，征收租金、布匹、粮食、水果，饲养家畜，使用各种工役。高级僧侣丰衣足食，处于特权地位，别居一室，下属不能随便晋见，吃饭有人侍候，可以对下属施行肉刑。这些与《仪略》的规定都有了很大不同。摩尼教从未成为居于统治地位的宗教，唯一的例外是在回鹘统治下，它取得了崇高的政治地位，有了经济特权，因此难免发生深刻的变化。
仪规
《下部赞》的“此偈你逾沙忏悔文” 写道：“於七施、十戒、三印法门，若不具修，愿 罪销灭” 。“ 此偈凡至莫日与诸听者忏悔愿文” 中也有类似的文句。三印和十戒是摩尼教的基本戒律。三印指口印、手印和胸印（东方文献中有时指心印），三印与十戒有联系。根据《群书类述》，十戒是：不拜偶像，不妄语，不贪欲，不杀生，不奸淫，不偷盗，不欺诈，不行巫术，不二见（怀疑宗教），不怠惰。口印即不妄语等戒律，手印即不杀生等戒律，胸印即不奸淫等戒律。三印、十戒是僧侣、俗信徒都必须遵守的。十戒主要从负面设限，不许信徒做这个做那个。
对僧侣另有五条戒律，主要从正面鼓励，希望僧侣以更高的道德标准要求自己。《下部赞》的“ 普启赞文”写道：“具足善法五净戒”。根据粟 特文书，五净戒是真实，不害，贞洁，净口和安贫。不害是禁止从事任何可能伤害光明分子的工作，即不要从事耕田、采集、收获和杀害任何动植物的事情。贞洁是指禁止性交，因为性交被视为模仿恶魔通奸，会导致人类生生不息，继续不断囚禁光明分子。净口是指禁止吃肉和饮酒。安贫是要求不蓄私产，靠施舍和乞讨为生，年一易衣，日一受食。
根据《群书类述》，摩尼教要求一般信徒每天祈祷四次，僧侣每天祈祷七次，即《佛祖统纪》引《夷坚志》说的，以七时作礼。一般信徒在星期天（汉文音译密日）斋戒，选民（僧侣）在星期天和星期一（汉文音译莫日）斋戒两天。《宿曜经》记载："尼乾子末摩尼以密日持斋，亦事此日为大日，此等事持不忘。"《下部赞》中的“ 此偈凡莫日（星期一）用为结愿”写道：“赞此今时日，於诸时最胜，诸有乐性者，今时入香水，渗浴诸尘垢，皆当如法住”。
可能在星期一举行某种类似洗礼的仪式。《下部赞》中另有“此偈凡至莫日与诸听者忏悔愿文”，写道：“对今吉日，堪赞叹时，七宝香池，满活命水。”可见中国的一般摩尼教信徒在星期一也要举行忏悔 和类似洗礼的仪式。
摩尼教徒最大的宗教节日是庇麻节（Festival of Bema），纪念摩尼受难，通常在每年的十二月举行。此前有约一个月的斋戒。庇麻意为祭坛，虚位以待，象征摩尼降临。从描绘庇麻节的细密画来看，一位僧侣右手握着一只杯子，前面的红桌子上放着面包，可能在举行一种类似基督教圣餐的仪式。《下部赞》“叹五明文第二叠”说“夷数血肉此即是，堪有受者随意取”，描写的就可能是这种仪式。从《祈祷和忏悔书》中知道，庇麻节上要朗读摩尼最后的书信，吟唱赞美摩尼、第三使、光耀柱、救主耶苏、诸明使、庇麻等的诗篇和欢乐颂。
传播
在西方，摩尼在世时，摩尼教已经传播到叙利亚、巴勒斯坦和埃及。公元300年左右，摩尼教徒在埃及已经颇有声势，以致於哲学家里科普里斯的亚历山大觉得有必要撰文与其论战。摩尼教又从埃及传播到北非和西班牙，从叙利亚传播到小亚细亚，再从那里传播到希腊、亚德里亚海东岸、意大利和高卢。这些地方当时均在罗马帝国统治之下，摩尼教遭到政府的粗暴迫害。皇帝戴克里先於297年发布著名的诏书，命令非洲总督镇压摩尼教。基督教当时也遭到戴克里先的迫害，但是不久即取得国教地位，将摩尼教视为最危险的对手，不遗余力地从教俗两方面进行斗争。执事马克（Mark the Deacon）写的加沙主教波菲里（Porphyry, the Bishop of Gaza）传中，记载了375年 波菲里与摩尼教女信徒、来自安条克的朱莉娅（Julia）的一场辩论。圣奥古斯丁（354－430）则记载了他与摩尼教徒福图那图斯、费利克斯的辩论。这些辩论正是基督教与摩尼教斗争的典型例子。著名的希腊文教义之正式声明说明迟至九世纪，摩尼教仍然在西方活动。不过1000年以后，在西方就不再看到关于他们的记载了。
欧洲中世纪出现过所谓新摩尼教，比如，7世纪亚美尼亚的保罗派（Paulicians）、10世纪保加利亚的鲍格米勒派（Bogomilists）、和12世纪法国南部的阿尔比派（Albigensians），都有类似摩尼教之处，可能曾受其影响。但是很难确定它们与摩尼教之间的直接历史联系。
在东方，萨珊王朝时期（224－651）摩尼教在波斯本土不断遭到血腥迫害，它的主要力量逐渐汇聚到中亚乌浒水（Oxus，今阿姆河）流域。粟特城市萨秣建（撒马尔干）和赭时（塔什干）成为摩尼教传播的重要基地。六世纪末，中亚摩尼教团在撒特－奥尔米兹（Sad-Ohrmizd）领导下，与巴比伦的领袖分裂，以电那勿（Denawars）派的名称独立。这种分裂状态到八世纪初才结束，中亚重新接受巴比伦法王米尔（Mihr，约710－740）的领导。七世纪中叶，穆斯林征服波斯以后，摩尼教徒的处境有所改善，伍麦叶王朝（661－750）让他们和平地活动，可能根本没有怎么注意他们。阿拔斯王朝时期（750－1258），许多摩尼教文献被翻译成阿拉伯文，比如，伊本－穆盖法耳（757年卒）曾把摩尼的几本著作翻译成阿拉伯文，比鲁尼和奈丁就是在一些摩尼教著作阿拉伯文译本的基础上，撰写摩尼教历史的。同时，阿拔斯王朝恢复了萨珊王朝反摩尼教的做法，谴责许多波斯血统的翻译者是摩尼教的同情者。在麦海迪（775－785）和穆格台迪尔（908－932）统治时期，设立了专门处置异教徒（主要是摩尼教徒）的机构，无情地对摩尼教徒进行迫害。967年前奈丁在首都巴格达亲身认识三百个摩尼教徒，但是，当他写作《群书类述》时，只有五个还留在首都，可见迫害之激烈。可能公元1000年左右，摩尼教徒在伊拉克就灭绝了。
在中国的传播
唐高宗朝（650－683）摩尼教可能已经传入中国。武则天延载元年（694）波斯国人拂多诞（侍法者）持《二宗经》至中国。开元七年（719）吐火罗国（位于今阿富汗北部）支那汗王帝赊上表，献解天文大慕she（承法教道者），请置法堂。开元二十年（732），唐玄宗下敕严加禁断，但西胡可以继续信仰。安史之乱末期，代宗宝应元年（762）叛将史朝义诱回鹘牟羽可汗进攻长安，唐遣药子昂迎劳，牟羽可汗遂支持唐军东击史朝义，克洛阳，放兵攘剽。牟羽可汗於次年带睿息等四僧回到回鹘，与他们讨论了三天三夜，经过激烈思想斗争，改宗摩尼教。“熏血异俗，化为茹饭之乡；宰杀邦家，变为劝善之国。 ……法王闻受正教， 深赞虔诚，大德领诸僧尼入国 阐扬。 自后，慕舍徒众，东西循环，往来教化。” 远在巴比伦的摩尼教教主派第一级僧侣到回鹘，确立摩尼教在回鹘的国教地位，使回鹘社会发生深刻变化。同时，摩尼教依靠回鹘的势力，在唐帝国各地设置寺院。摩尼教势力的扩张引起了佛教徒的警觉，禅宗典籍《历代法宝记》中出现了对外道末曼尼（即摩尼）的攻击。《历代法宝记》约765年传入吐蕃，不久后（约775－797年间）赤松德赞赞普所撰《真正言量略集》中也出现对异端末摩尼的抨击。
元和、长庆年间（806－824）摩尼教僧侣常与回鹘可汗议政，作为回鹘的官方代表出使唐朝，势力鼎盛。开成五年（840），回鹘为黠戛斯所破，唐朝立即改变对摩尼教的优容态度，会昌三年（843）没收摩尼寺的庄宅钱物，焚烧其书籍图画，流放其僧侣，死者大半。会昌五年武宗禁佛，同时禁止各种外来宗教，摩尼教当也在其列。
摩尼教不容於唐朝朝廷，但西域各国五代北宋时摩尼教犹盛。回鹘西迁，在吐鲁番建立高昌王国，摩尼教继续处于国教地位，留下了大量各种语言的文献和寺院、壁画、细密画等遗物。北宋太平兴国六年（981）出使高昌的王延德等亲眼目睹了那里摩尼寺的情况。西迁后的回鹘和于阗也曾派遣摩尼师出使中原。但是佛教逐渐占居上风，到十三世纪中叶蒙古征服塔里木盆地地区时，摩尼教与佛教相比已经微不足道。
中原的摩尼教则不得不依附佛教、道教以自存，逐渐演变为一种秘密宗教，通常被称为明教。逃脱会昌法难的摩尼教呼禄法师来到福建，“授侣三山（福州），游方泉郡（泉州），卒葬郡北山下。” 福建成为摩尼教在中国南方继续传播的主要源头。北宋至道（995－97）中，怀安士人李廷裕在京城开封一家卜筮商店里用五十千钱买到了一尊摩尼像，从此摩尼像就在福建流传开了。大中祥符九年（1016）、天禧三年（1019）朝廷两次敕福州；政和七年（1117）、宣和二年（1120）礼部两次牒温州，" 皆宣取摩尼经颁入道藏" 。真宗朝（998－1022）进献明教经典的福建士人林世长授守福建文学。编入道藏的摩尼教经典中可能有《老子化胡经》、《明使摩尼经》、《二宗三际经》等。摩尼教已经在福建赢得部分士人的信仰，依托道教，向合法化方向发展。
但是，摩尼教经常被指斥为鼓动叛乱的邪教。北宋太平兴国间（980）撰写的《僧史略》把梁贞明六年（920）陈州毋乙叛乱以及后唐、石晋（923－946）时的相关叛乱归罪於末尼党类。宣和二年方腊发动大规模农民起义，统治者大为震惊，严厉镇压各种宗教结社，重立禁约，止绝江浙"吃菜事魔"之徒，连带根究温州明教，毁拆其斋堂，惩办为首之人，悬赏奖励告发。明教徒的特点是每年正月内，取历中密日（星期天）聚集侍者、听者等，所念经文及画像有《证明经》、《图经》、《日光偈》、《广大忏》、《妙水佛帧》、《先意佛帧》、《夷数佛帧》、《四天王帧》等，多引尔时明尊之事。
南宋时，有的道教徒不甚分得清楚吃菜灭魔与明教的关系，道士白玉蟾（约1215）的学生问他，乡间多有吃菜持斋以事明教，谓之灭魔，彼之徒且曰太上老君之遗教，然耶？否耶？白玉蟾告诉其学生一些明教的教义，大要在乎清净、光明、大力、智慧八字而已。但是没有分辨吃菜灭魔与明教的异同。有的佛教史家把明教与吃菜事魔联系在一起。1265年撰写的《佛祖统纪》引述洪迈（1123－1202）《夷坚志》说：吃菜事魔，三山（福州）尤炽，称为明教会。所事佛衣白，又名末摩尼。其经名二宗三际，其持修者，正午一食，以七时作礼。有的官员常把明教与其他宗教结社并列，视之为邪教。陆游在绍兴三十二年（1162）写的条对状中写道：淮南谓之二襘子，两浙谓之牟尼教（即摩尼教），江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类。名号不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、军兵亦相传习。其神号曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等号。白衣乌帽，所在成社。伪经妖像，至於刻版流布，假借政和中（1111－1118）道官程若清等为校勘，福州知州黄裳为监雕。陆游称，近岁之方腊皆是类也。要求加以严惩，多张晓示，限期自首，限满悬赏搜捕，焚毁经文版印，流放传写刊印明教等妖妄经文者。
元代在泉州设有管理明教和秦教（当即景教）的管领。马可波罗及叔叔1292年到达福州时遇到的一个当地无名教派可能是摩尼教团。明太祖洪武（1368－1398）初曾下诏并立法禁止各种异端信仰，其中包括牟尼明尊教（即摩尼教）。浙江按察司佥事熊鼎以大明教瞽俗眩世，且名犯国号，奏请没收其财产而驱其众为民。明太祖可能因为这道奏折，嫌明教教门上逼国号，摈其徒，毁其宫，户部尚书郁新、礼部尚书杨隆奏留之，因得置之不问。尽管清律、安南律都因袭明律，继续禁止牟尼明尊教，但是，有清一代和安南地方未必真正有摩尼教徒的活动了。